Si comparamos la acción desinfectante del ozono sobre la del cloro, podemos concluir que la acción del ozono es mucho más rápida, con lo cual los tiempos de contacto disminuyen y los depósitos de almacenamiento pueden ser más pequeños. Utilizando ozono además, evitamos la aparición de los productos residuales de la cloración: trihalometanos, clorofenoles, etc., que son cancerígenos y que paulatinamente están llevando a la prohibición del cloro y algunos de sus compuestos en la fase de desinfección de los tratamientos de agua.

Hoy en día ya nadie discute las ventajas del ozono sobre el resto de desinfectantes. Los pros y los contras se suceden: es más cara la instalación pero es mucho más barato el mantenimiento; es más limpio su uso pero abandona el agua en un plazo de 6 a 19 minutos, por lo que durante muchos años se ha aconsejado que se use una cierta cantidad de cloro, muy pequeña, como desinfectante fijo, al ser tan pequeña no da lugar a subproductos, olores, sabores, al tiempo que disfrutamos de las ventajas del ozono.

Normalmente el agua para las piscinas se regenera en circuito cerrado con pequeñas aportaciones para compensar las pérdidas; el agua se va contaminando progresivamente con el baño sucesivo de un número importante de personas más las condiciones medioambientales. Obviamente la regeneración del agua es mucho más económica que la renovación total. El ozono además, destruye determinados aceites y en concreto los del tipo de protección para el sol, que suelen formar una ligera película en las piscinas sobre la superficie del agua. Pero la desinfección sin dudad, la fase más importante del tratamiento. Se pretende conseguir evitar la transmisión de enfermedades contagiosas (conjuntivitis, sinusitis, anginas, otitis, enteritis, afecciones de la piel, meningoenoefolitis, etc.), y la formación de algas microscópicas que enturbian el agua (coloración verde).

El ozono es el desinfectante más potente que se conoce, el único que responde realmente ante los casos difíciles (presencia de amebas, etc.), no comunica ni sabor ni olor al agua; el ozono en ningún caso provoca fermentación de productos que irritan las mucosas.

La inversión inicial de una instalación para tratamiento por ozono es superior a la de cloro, aunque es muy barata (prácticamente nula) en mantenimiento y sobre todo más eficaz como bactericida, virulicida y alguicida. Diversos casos de estudio demuestran que la inversión inicial es amortizada en poco tiempo, resultando en un ahorro económico además de las ventajas medioambientales y para la salud de los bañistas.

Mediante la ozonización del agua de las piscinas es posible: la eliminación de turbiedad, la eliminación de materia orgánica, la eliminación por decantación de sales minerales de hierro y manganeso (si las hay), la desinfección total de gérmenes patógenos y no patógenos, obteniendo un agua de calidad en cuanto a sus características organolépticas y totalmente potable bacteriológicamente, la inhibición de hongos y algas, ahorro muy importante en compuestos clorados, fungicidas y alguicidas.