Los huevos se alteran por putrefacción bacteriana y por hongos, proceso que mediante almacenamiento a baja temperatura o por tratamiento de la cámara sella los poros (por ejemplo, con silicato sódico, pasta de hidróxido cálcico, por inmersión en aceite mineral u otros productos comerciales pensados para producir el mismo efecto En ausencia de acción microbiana todavía ocurren cambios químicos deteriorados que tienen como resultado la fluidificación de la clara espesa y el debilitamiento de la membrana vitelina. Un huevo de frigorífico, cuando se rompe para freírlo, suele ser acuoso y plano en el plato comparado con el huevo fresco. Además, durante el almacenamiento tiene lugar la evaporación del agua a través de la cáscara, lo que conlleva el consiguiente aumento del saco aéreo, no visible a simple vista. La evaporación se puede controlar por humidificación del almacén donde se llevan huevos a un 85% de humedad relativa, pero esto se acompaña de un aumento de putrefacción. Mientras los huevo permanecen almacenados, los mohos pueden desarrollar deterioro del huevo, entre la cáscara del huevo y la membrana, en una pequeña bolsa donde la humedad relativa no está convenientemente controlada. El ozono, una vez más viene a resolver este problema impidiendo dicho deterioro y prolongando el período de almacenaje sin presentar disminución alguna en el aspecto. Además niveles bajos de ozono controlan los olores en la cámara de almacenamiento huevos. Otra de las aplicaciones importantes con respecto a la industria del huevo, es la que se refiere a la utilización del agua para el 'descascarillado' del huevo. El agua utilizada para este menester se va contaminando paulatinamente, lo que repercute en el huevo, originando importantes pérdidas de género.